Nonostante stia attraversando un periodo di fortissima crisi finanziaria, Estonian Air riuscirà a tirarsi su da sola. L'amministratore delegato Jan Palmer ha infatti smentito le indiscrezioni riguardanti un possibile investimento di Flybe: "stiamo ristrutturando Estonian Air da soli, ed al momento non sono in corso negoziazioni riguardanti questo aspetto".
Il presidente del consiglio di supervisione Erkki Raasuke non si è voluto sbilanciare sul futuro del vettore, precisando che bisognerà attendere l'estate per capire se il salvataggio della compagnia sia possibile. Ma sul futuro di Estonian Air pesa anche l'attesa per il responso della Commissione europea su alcuni presunti aiuti di Stato ricevuti dal governo di Tallinn. Nei primi nove mesi del 2012, nonostante un aumento del fatturato da 58,7 a 70,4 milioni di euro, la compagnia ha fatto registrare una perdita di 20,2 milioni di euro, l'80% in più di quanto registrato nello stesso periodo dell'anno precedente.