Finita l'epoca di Alitalia, che ha abbandonato Malpensa dal marzo 2008, per lo scalo milanese è iniziata l'avventura di Lufthansa, che nel 2009 è cresciuta del 109%. E' quanto ha fatto notare il presidente di Sea, Giuseppe Bonomi, al termine dell'assemblea annuale degli azionisti. I soci hanno nominato consiglieri, oltre allo stesso Bonomi riconfermato poi presidente e amministratore delegato, Raffaele Cattaneo, Marco Pagnoncelli, Lino Girometta e Alberto Ribolla.
Nel 2009 Sea ha investito 60 milioni di euro tra Malpensa e Linate. Lo scalo varesino è diventato il primo aeroporto continentale di easyJet, attiva sul terminal 2, con 350 frequenze settimanali e 44 destinazioni nazionali e internazionali, portando a 33 i collegamenti settimanali tra Milano e Roma. A Malpensa nel 2009 sono arrivati poi 17 nuovi vettori con un'offerta di 420 frequenze settimanali aggiuntive di cui 20 esclusivamente merci. Complessivamente l'attività a Malpensa nel 2009 è cresciuta del 12%, escludendo naturalmente il gruppo Alitalia.