Anche nel 2009, San Giovanni Rotondo ha trainato il turismo in provincia di Foggia. Secondo le prime stime sono stati 7 milioni i pellegrini che hanno visitato il Santuario. Il dato ufficiale parla di 9 milioni di visitatori, dal 24 aprile 2008 al 23 settembre 2009, periodo dell'esposizione della salma di Padre Pio. "È dal 1998 – ha spiegato Stefano Campanella, portavoce dei cappuccini – che San Giovanni Rotondo è la seconda meta religiosa più visitata al mondo dopo il Santuario di Nostra Signora di Guadalupe a Città del Messico, che arriva a 14 milioni di pellegrini all'anno". In crescita nel foggiano anche il turismo balneare nell'area del Gargano che vede trend nettamente positivi. In Puglia nel 2009 il settore ha guadagnato complessivamente il 3,9%, trainato dai centri della provincia foggiana che hanno registrato crescite $ superiori al 10%. Un forte contributo è stato dato dalla ripresa dei voli all'aeroporto di Foggia.
