Nel 2009 il Gruppo Alitalia ha registrato una perdita netta, dopo accantonamenti ed oneri straordinari, pari a 326 milioni di euro. Il dato è stato reso noto al termine del cda della compagnia che ha esaminato il progetto di bilancio del 2009. Il risultato operativo è stato di -274 milioni, i ricavi sono stati 2.921 milioni, 21,8 milioni i passeggeri trasportati. I risultati sono in linea con le attese e coerenti con l'obiettivo di pareggio operativo nel 2011.
I principali obiettivi per il 2010 "riguardano la crescita di passeggeri e ricavi" e "la riduzione delle perdite operative, pur in presenza di una tendenza al rialzo del costo del carburante".
Il coefficiente medio di riempimento degli aerei è stato nel 2009 pari al 65% con un andamento crescente, dal 59% del primo semestre, al 71% del secondo semestre. Positivi anche gli andamenti del ricavo medio per passeggero, cresciuto del 5,7% tra il primo e il secondo semestre, e della quota di mercato domestico del Gruppo Alitalia, che nel gennaio 2010 ha raggiunto il 53%, superiore a quella complessivamente detenuta da Alitalia e Air One nel 2008.
In una nota si ricorda che "la prima metà dell'anno è stata caratterizzata dalle criticità della fase iniziale dello start-up oltre che dai ridotti volumi di traffico tipici del primo trimestre. Conseguentemente, le perdite operative si sono concentrate in tale periodo (-273 milioni), laddove il secondo semestre ha fatto registrare un sostanziale pareggio".