Dalle retribuzioni, che secondo i sindacati avrebbero subito tagli maggiori rispetto a quelli previsti dagli accordi siglati, al futuro dei lavoratori impiegati in attività non confluite nel nuovo gruppo o a rischio di esternalizzazione. Senza dimenticare il progetto di fusione delle due compagnie confluite nella nuova società, Air One e parte della vecchia Alitalia, che potrebbe portare a nuovi esuberi. Sono questi alcuni dei nodi aperti sulla questione Alitalia che i sindacati confederali hanno messo nero su bianco in una lettera inviata al sottosegretario alla presidenza del consiglio, Gianni Letta, ai vertici della nuova Alitalia (l’ad. Rocco Sabelli ed il presidente Roberto Colaninno) e ai dipendenti. Per il segretario nazionale della Filt-Cgil, Mauro Rossi, "é chiaro che se a questa lettera dovesse seguire il nulla verranno avviate le procedure per arrivare allo sciopero", che nella nuova compagnia sarebbe il primo proclamato dai sindacati confederali (che al contrario di associazioni di piloti e assistenti di volo e sindacati autonomi hanno firmato gli accordi preliminari sul progetto e oggi siedono ad un tavolo di confronto con l’azienda).
Nella lettera, Filt-Cgil, Fit-Cisl, UilTrasporti e UglTrasporti, denunciano "un modello organizzativo confuso che disorienta i lavoratori e crea tensioni", ed una "difficoltà se non impossibilità di costruire relazioni sindacali all’altezza della sfida". Propongono quindi ad Alitalia "un patto vero tra il lavoro e l’impresa, rispettando i ruoli ma riconoscendo non a parole ma nei fatti, con azioni concrete e nel quotidiano rapporto, il valore innegabile rappresentato dal lavoro".