Un indagine per esaminare se il sostegno finanziario fornito agli aeroporti sardi e alle compagnie aeree che vi operano sia in linea con le regole Ue sugli aiuti di stato è stata avviata dalla Commissione Ue. Il regime speciale, notificato a Bruxelles nel 2011, è già stato applicato in violazione alle norme Ue sin dal 2010 per Alghero, Olbia e Cagliari, che a loro volta hanno fornito agevolazioni ad alcune compagnie tra cui Ryanair. Nel novembre 2011 l'Italia ha notificato un regime di compensazioni per il periodo 2012-2013 “volto a sostenere lo sviluppo e ad attenuare il carattere stagionale dei servizi di trasporto aereo fra la Sardegna, l'Italia continentale e il resto d'Europa”, spiega la Commissione. Ciò fa si che i “gestori aeroportuali ottengano una compensazione per selezionare compagnie aeree in grado di raggiungere determinati obiettivi annuali, in termini di frequenze e di volume di passeggeri su certe rotte 'strategiche'”. A loro volta, le compagnie aeree ricevono contributi finanziari dai rispettivi aeroporti. Ma i servizi del commissario Ue alla concorrenza Joaquin Almunia hanno concluso che "il regime è già stato attuato", e questo "in violazione" della regola Ue che richiede l'autorizzazione della Commissione prima di procedere.
Le agevolazioni sono contenute in una legge regionale del 2010. Dal 2010, quindi, gli aeroporti di Alghero, Cagliari e Olbia hanno ricevuto anticipi sulle compensazioni accordate tramite prestiti concessi dalla Regione Sardegna. Questi, a loro volta, hanno versato contributi finanziari a vettori aerei, fra cui Ryanair, scelti tra l'altro senza nessun bando di gara. La Commissione teme quindi che “tale sostegno pubblico possa procurare ai beneficiari un indebito vantaggio economico di cui non godono invece i loro concorrenti”.